Narodil se v rodině právníka v Pardubicích. Rodina se v 80. letech 19. století odstěhovala do Prahy, proto zde navštěvoval gymnázium. Mezi jeho učitele patřil i Alois Jirásek, který vyučoval zeměpis a dějepis. Po gymnáziu nastoupil na Filozofickou fakultu Karlo-Ferdinandovy univerzity. Mezi jeho spolužáky patřil Zdeněk Nejedlý. Přednášel mu mimo jiné T. G. Masaryk.
Po studiích učil krátce středoškolskou matematiku a fyziku na malostranském gymnáziu a na C. K. Vyšším gymnasiu v Hradci Králové, ale jeho zájem směřoval k filozofii a psychologii. Odtud se dostal k zájmu o původ písma a studiu staroegyptského písma. V roce 1905 se začal učit starou egyptštinu a přeložil jednu kapitolu Knihy mrtvých. Překlad náhodou získal profesor orientalistiky Rudolf Dvořák a ten ho doporučil ke studiu egyptštiny u profesora Adolfa Ermana v Berlíně.
Po roce studií v Berlíně studoval Lexa několik měsíců démotštinu ve Štrasburku a rozhodl se vydat vlastní mluvnici démotštiny. Po návratu do Prahy opět učil na gymnáziu, ale zároveň připravoval svou habilitační práci O poměru ducha, duše a těla u Egypťanů Staré říše. Svou práci zveřejnil po skončení 1. světové války.
Po vzniku Československa byl na Karlově univerzitě zájem o orientalistiku a Lexa zde mohl od roku 1919 [4] bezplatně přednášet egyptologii. V roce 1927 získal placené místo mimořádného profesora. Během této doby napsal několik knih, o něž byl velký zájem. To přispělo ke zřízení Egyptského semináře na Karlově univerzitě, jehož jediným řádným profesorem se stal František Lexa. Ve školním roce 1934/35 byl zvolen děkanem Univerzity Karlovy.
V 50. letech 20. století inspiroval Lexu jeho žák Zbyněk Žába k založení Československého egyptologického ústavu se sídlem v Praze a Káhiře. Protože Lexa měl široké známosti v politických kruzích, podařilo se ústav v roce 1958 založit a byl pověřen jeho vedením. Po jeho smrti ho vedl Zbyněk Žába.
František Lexa zemřel v Praze v roce 1960. Je pohřben v Praze na Olšanských hřbitovech v oddělení IX, 16, 1-4.
zdroj: http://cs.wikipedia.org/wiki/Franti%C5%A1ek_Lexa