Studia
Základní vzdělání získal v evangelické škole při místním sboru. Od jedenácti let studoval na německém piaristickém gymnáziu v Litomyšli. Vzdor národní i náboženské odlišnosti byl premiantem. V šestnácti letech studoval na německém evangelickém gymnáziu ve vestfálském Güterslohu (za podpory Theodora Fliednera, zakladatele institutu pro diakonky v Kaiserswerthu, kde studovala Karafiátova sestra), kde se ocitl ve vypjatě evangelickém prostředí. Vestfálští přátelé mu po ukončení gymnázia v roce 1866 umožnili teologická studia v Berlíně, Bonnu a ve Vídni. Studium ukončil zkouškou v roce 1869. Po skončení studií pracoval na doporučení svého vídeňského profesora Edwarda Böhla rok v Kolíně nad Rýnem v rodině továrníka Langena jako vychovatel, neboť nebyla v evangelických sborech volná farářská místa. Po roční vikářské praxi v Reformované církve v Roudnici v letech 1870 – 1871 odešel znovu na studia do Edinburghu na jednu z kolejí Svobodné skotské církve. Tato studia financovala Skotská svobodná reformovaná církev.
Osobní a duchovní zrání
Mladého teologa velmi ovlivnil pobyt v Kolíně nad Rýnem. Počítá jej ke školám ještě vyšším než univerzita. Rovněž pobyt v holandském sboru v Elberfeldu (od roku 1930 Wuppertal) se svojí pietistickou atmosférou. V jeho čele tehdy stál známý Dr. Kohlbrügge. Ačkoliv by se nepovažoval za jeho žáka, přesto Dr. Kohlbrügge i vídeňský Edward Böhl na něj měli nepřehlédnutelný vliv. Krajina a detaily z domácnosti broučků byly inspirovány Elberfeldem Karafiátových a Kohlbrüggeových časů (např. středové okno nad dveřmi). Podstatná však byla prostota jejich víry. Zde se také seznámil se slečnou Herminkou, s níž se chtěl oženit. Z toho nakonec sešlo a Jan Karafiát zůstal starým mládencem.
Roku 1870 vstupuje do londýnského misijního bratrstva, je vyslán do Roudnice, náležející tehdy do krabčického sboru. Zde zřídil po vzoru Theodora Fliedlera černilovský farář Václav Šubrt dívčí institut (dnes DOS Diakonie ČCE). Ačkoliv by misijní práce odpovídala jeho poslání, byl jí nakonec zklamán, neboť se od něj očekávalo, že bude místní zbožné katolíky přesvědčovat na evangelickou víru. Vděčně proto přijal od londýnského bratrstva jiné zadání: sepsat knížku o Janu Husovi. Hotova byla už na jaře roku 1871. Po jejím vydání se mohl vydat na studia do skotského Edinburghu jako host Skotské svobodné reformované církve. Zde se seznámil s bohatou šlechtičnou Miss Joan Denistoun Buchanan of Auchentorley (1819 - 1912), která byla jeho celoživotním vzorem, intelektuální i materiální oporou a přítelkyní.
Pedagogická činnost
Po skončení studií pracoval rok v Kolíně nad Rýnem v rodině továrníka Langena jako vychovatel. Po návratu ze Skotska roku 1872 učil náboženství, pedagogiku, didaktiku a češtinu v Evangelickém učitelském semináři v Čáslavi, kde působil i jako spirituál. Roku 1874 se stal jeho správcem.
Duchovenské působení
V letech 1870 – 1871 působil jako vikář Reformované církve v Roudnici, odkud odešel na studia do Edinburghu. V letech 1875 – 1895 působil jako farář v Hrubé Lhotě. Po dvaceti letech na Hrubé Lhotě odešel do Prahy, kde se věnoval práci na revizi Bible kralické a vypomáhal v pražských sborech. Celý život ho trápila náboženská netolerantnost Čechů a nenávist mezi katolíky a evangelíky. V pamětech uvádí příklad z Německa: Evangelíků bylo ve městě málo a tak se dohodli s katolíky, že si v jejich kostele udělají mši časně ráno a potom bude mše katolická. Dále píše: Věc, v Čechách naprosto nemyslitelná.
Literární a teologická činnost
Broučci
Je znám první českou původní autorskou pohádkou pro děti Broučci: pro malé i veliké děti (1876). Knihu vydal anonymně vlastním nákladem u Václava Horkého. Po sedmnácti letech byla objevena spisovatelem Janem Herbenem. Díky recenzi Gustava Gamy Jaroše v časopise Čas byla první edice rychle vyprodána a v roce 1894 přišla reedice. Dílo je oceňováno pro básnický sloh a ve své době novátorský přístup ke světu dítěte, počítá s psychologií dítěte. O jeho teologickou a morální hodnotu se ovšem vedou spory - vyčítá se mu důraz na bezmyšlenkovou poslušnost, která se (podle Maxe Webera) právě v reformovaném prostředí vysoce cenila.
Svá autorská práva na tuto knihu odkázal Českobratrské církvi evangelické, která díky tomuto štědrému daru mohla sponzorovat vydávání bible a církevních tisků.
zdroj: http://cs.wikipedia.org/wiki/Jan_Karafi%C3%A1t