Otec byl správcem libochovického šlechtického panství. Když bylo Janu Evangelistovi šest let, jeho otec zemřel. V jedenácti letech Purkyně odešel za vzděláním k piaristům (konkrétně na piaristickém gymnáziu v Mikulově) ,ve dvaceti však z řádu odešel. Živil se jako vychovatel v šlechtických rodinách, jeden z jeho zaměstnavatelů nasměroval Purkyňův zájem směrem k lékařství. Už v prvním ročníku pražského studia mu ve Vídni vyšla první báseň Orážení obrazu bez konce. Doktorskou práci O zření v ohledu subjektivním obhájil roku 1818 a stal se asistentem na pražské lékařské fakultě.
Pro vlastenecké názory se ale marně ucházel o profesuru. Teprve na mocnou přímluvu několika osob (pruský ministr kultury a vzdělávání Karl vom Stein zum Altenstein (1770-1840), lékař Johann Nepomuk Rust (1775-1840), vedoucí pruského vysokoškolského oddělení Johannes Schulze (1786–1869), přírodovědec Karl Asmund Rudolphi (1771–1832) a údajně i na přímluvou Goethovu, který také studoval proces vidění) byl angažován na univerzitu mimorakouskou, do tehdy pruské Vratislavi.
V roce 1827 se oženil s Julií Rudolphi (1800-1835), dcerou svého zastánce, v Berlíně působícího přírodovědce švédského původu Karla Asmunda Rudolphi (1771–1832). Měli spolu dvě dcery a dva syny. Ve Vratislavi mu na choleru zemřela manželka a obě dcery, zbyli mu dva synové. Starší syn Emanuel (1831-1882) se stal přírodovědcem, mladší syn Karel (1834-1868) vynikl jako malíř. Otec jej celý život finančně podporoval a nakonec i přežil.
Ve Vratislavi získal roku 1832 výkonný mikroskop. Svůj nejvýznamnější objev prezentoval Purkyně na sjezdu německých přírodovědců a lékařů v pražském Karolinu roku 1837, kde mezi prvními na světě přisoudil buňkám jejich stěžejní význam pro život. Ve Vratislavi také odváděl tvrdou badatelskou práci, která z něj činí zřejmě nejfrekventovanějšího eponyma české vědy: Purkyňova vlákna v srdci, Purkyňovy buňky v malém mozku, Purkyňovy obrázky (vnímání světla okem), Purkyňův jev (vnímání barev okem) a řada dalších po něm nazvaných útvarů a jevů.
V práci O spánku, snech a stavech příbuzných z roku 1857 Purkyně zdůraznil osvěžující a léčivou funkci snů pro duševní rovnováhu. Předjímá tím budoucí Freudovy úvahy o snu, ale i Jungovu teorii kompenzační funkce snu. Ve stati Individuální duševní ústroj člověka (1864-1866) Purkyně rozlišil dvě hlavní metody zkoumání lidské psychiky - antropologickou, která zkoumá souvislost duševních zvláštností s tělesnými, a psychologickou, jež je založena na vlastní vnitřní zkušenosti, na sebepozorování. Třetí možností je fenomenologická metoda, která hledá souvislosti mezi výjevy duševního života. Jako jeden z mála českých vědců přijal ve své době Darwinovu evoluční teorii, což svědčí o jeho otevřenosti.
Roku 1850 se Purkyně vrátil na pražskou lékařskou fakultu. Založil fyziologický ústav, nad výzkumem už ale převládala činnost organizační a buditelská. Stal se členem londýnské Královské společnosti, vídeňské a pařížské akademie věd, poslancem zemského sněmu a nositelem Leopoldova rytířského řádu. Jen několik dní před smrtí byl rakouským císařem povýšen do rytířského stavu.
Roku 1853 založil časopis Živa.
Ve 40. letech 19. století Purkyně sestrojil kinesiskop, u něhož použil rotační závěrku používanou následně u kinematografů. Lze ho považovat i za průkopníka v oblasti animovaného filmu. V roce 1861 nechal podle svých nákresů vyrobit kotouč zobrazující animovanou sekvenci práce lidského srdce. Je to první známý případ užití této techniky (považované v té době za zábavnou hračku) pro výuku vědeckého oboru. Sám ale předpověděl, že se tento postup stane svébytným druhem v umění.
Zapojil se do vzniku tělovýchovné organizace Sokol v Praze.
V Praze žil a zemřel ve Spálené ulici, což připomíná pamětní deska poblíž stanice metra Národní třída. Pochován je na vyšehradském hřbitově. Jeho pohřeb se stal velkou národní manifestací.
zdroj: http://cs.wikipedia.org/wiki/Jan_Evangelista_Purkyn%C4%9B